在3月1日这天，罗斯福总统亲自给麦克阿瑟发来电报，要求他单独从巴丹半岛撤离，前往澳大利亚。总统在电报里显得语重心长地道：“战争还会持续很久，美国和美国的盟友们都需要宝贵的军事人才，你不能白白地牺牲在菲律宾。”
麦克阿瑟是个很要面子的人，所以非常看重他的军人荣誉和个人名誉，他很担心自己会因为没有履行跟美菲联军同生共死的诺言而玷污自己的形象，在接到电报后，他希望辞去高级军官的职务，以一个老志愿兵的身份留在巴丹继续作战，同北华军斗争到底，实践自己的诺言。但参谋长萨瑟兰少将和其他所有的高级军官都反对他的想法，认为总统说的是对的，麦克阿瑟不应该因为意气之争而牺牲在菲律宾，应该要为以后卷土重来而保住性命。
3月3日，在罗斯福总统又一份亲自发来的电报的督促下，麦克阿瑟下定决心，离开菲律宾。临走之前，他任命副总指挥、他在西点军校里的同学乔纳森温莱特少将接任自己的总指挥职务，又任命爱德华金少将担任副总指挥。麦克阿瑟知道留下来的人会有什么后果，为了表达自己的愧疚，他请求华盛顿晋升温莱特少将为中将，甚至声称“如果华盛顿不答应，他就不离开菲律宾”。对此，华盛顿表示同意。
临别之际，麦克阿瑟把温莱特请到自己的地下室指挥部内，向他告别并移交指挥权。
“吉姆。”麦克阿瑟显得很动情，“你应该很了解我，我不是贪生怕死的人，我是真心打算跟你们并肩作战到底的，但罗斯福总统两次亲自要求我离开，我反对无效，只能执行命令。吉姆，我很清楚我离开会带来的后果，也知道你们留下来的后果，我很愧疚，但希望你们能够理解。请相信我，我现在的离开是为了以后再回来。我会回来的。”
“是的，艾克。”温莱特默然地点点头，“祝你好运。”
“坚持下去！等着我回来！”麦克阿瑟语气坚定地道。
“我会尽力而为的。”温莱特的语气有几分伤感，也有几分苦涩。
麦克阿瑟把他剩下的最后几包香烟和两盒刮脸膏送给温莱特，作为告别礼物。
本来，麦克阿瑟想要离开菲律宾是难如登天，但北华海军为了搜剿美国印度洋舰队和逃入大洋洲海域内的美国太平洋舰队的那三艘航母，因此分散了很多军舰，在菲律宾参战的北华海军主力舰只有4艘战列巡洋舰。这使得乘坐潜艇离开马尼拉湾的麦克阿瑟有如神助般在有惊有险中平平安安逃离了菲律宾，并在半个月后抵达澳大利亚北部的达尔文港口。跟他同时离开的，还有菲律宾总统奎松等菲律宾政治首脑。抵达达尔文港后，逃出生天的麦克阿瑟立刻发表了一个凯撒式的声明：
“罗斯福总统命令我离开菲律宾是因为他要求我重新组织部队再打回去，最终解放菲律宾和其他众多被北华军占领和奴役的国家。我虽然离开了菲律宾，但我还会回去的！”
这句“我还会回去的”（Ishallreturn）从此成了麦克阿瑟的名言。
麦克阿瑟逃离菲律宾后，第104师师长曲阳挨了冯占海一顿训斥，随即他在马尼拉也召开了一个新闻发布会，声称：“麦克阿瑟先生竟然已经不辞而别了，我们深感遗憾。另外，既然麦克阿瑟先生声称他还会回来的，那么，我们也欢迎你再回来，弥补你这次没有进我们战俘营的遗憾，并且不管你下次带多少人回来，我们都欢迎，反正我们的战俘营有的是地方。”
其实，麦克阿瑟逃离菲律宾后本来可以不这么大张旗鼓的，他可以秘而不宣，但他爱面子的性格让他深感自己逃离菲律宾是一种耻辱，所以他难以在逃离后继续缩头缩脑，因此刚刚抵达澳大利亚后便迫不及待地发表那番“我还会回去的”宣言，虽然听起来很荡气回肠，但对巴丹半岛上的十万美菲联军来说则是一个巨大的打击，道理很简单：他们的总指挥已经独自一人跑到澳大利亚去慷慨激扬地声称他还会回来，这说明什么？这说明麦克阿瑟和华盛顿高层都认为巴丹半岛已经必丢无疑，自己已经被抛弃了，总指挥都跑了，那这场仗还怎么打下去？
尽管温莱特中将和金少将都使尽浑身解数来稳住部队不崩溃，但麦克阿瑟的好出风头则帮了一个大倒忙，巴丹半岛上所有美菲士兵都知道他已经跑了，士气彻底泄光了，最后的残余信心和幻想也都没了，向北华军投降的美菲联军已经是成千上万。麦克阿瑟随后在澳大利亚发来“坚决不准投降”的命令，很多美军都讥讽道“他自己逃之夭夭了，跑到了最安全的地方，却要在最前线的我们死战到底”。
3月14日，北华军向巴丹半岛正式展开了最后的进攻。发起进攻后，北华军的轰炸机再次空投传单，勒令美菲联军在二十四小时内立刻缴械投降，并且要保存所有的军械和物资。
在这个最后通牒里，北华军威胁道：“如果还在抵抗的美菲联军不按照北华军的要求在规定时间内进行无条件投降，那么北华军不保证过了期限后再投降的美军还会得到人道主义待遇，被俘的美军将不会被交换回国，而是全部送到北亚去服苦役。”
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